学校的审计机构最早设立于1986年12月，为校办直属机构科级建制。1999年9月11日设立审计处，作为学校的一个独立机构承担学校的内部审计任务。审计处内设2个科室：工程审计科、综合审计科。审计处现有人员9人，其中处长1人，副处长1人，高级职称3人，中级职称3人。

审计处主要从事学校内部审计工作，对学校各单位及所属单位财务收支、业务活动、内部控制、风险管理等实施独立、客观的监督、评价和建议，并提供咨询服务，促进完善学校管理控制、防范风险、创造效益，为学校健康发展保驾护航。